シンプルに新宿行きを優先的に運転させて千代田線直通は切るだけでしょ、種別はほぼ関係ない
というかこれは今現在既にそうなんだから
で、あまりにも間隔が空きすぎそうな箇所に新宿行きの臨時各停やら臨時急行やらを入れるだけ