いろんな行先、直通をあれもこれも欲張るからパターン崩れるのでしょうね。
京都線も奈良線も大阪線、全部に言えるけど。

行先を統一して、直通を減らして分離し合理化すればそれなりにパターン化は可能
ダイヤは分かりやすくなるけど、乗換が多発したり、本数が減ったりする。