小樽・手稲⇄札幌⇄千歳・苫小牧と北海道医療大学・石狩当別⇄札幌⇄江別・岩見沢で運転系統を大きく二分して札幌駅をスルー運転できるなら、それに越したことはない。

が、今の配線では特定の方向からしか入線または発車できない番線が多すぎる。具体的には、8〜11番線が学園都市線以外では小樽方面から岩見沢方面への一方通行しかできないなど、そういった部分を解消する必要がある。

また、札幌駅の西側は函館本線の複線（小樽方面）の北側に学園都市線の単線が並んでいる（路線別配置）が、東側は函館本線の複線（岩見沢方面）が千歳線の複線を左右から挟んでいる（方向別配置）。

そのため、学園都市線は電化開業後も函館本線・千歳線への乗り入れがほとんど行われないなど、札幌駅の東西で運転系統をうまく統合・効率化できていない。札幌駅を跨ぐのに10分以上も札幌駅で待たされる列車も多い。