やっぱ代々木上原がガンだよね。
急行線・緩行線を走ってきた大量の列車が、新宿行き・千代田線行きに平面交差で振り分けられ、
更に千代田線始発が割り込むとかさ。
それらに乗り換える為の大量の乗降客と、始発待ちの客でホームも阿鼻叫喚状態で乗降に時間がかかる、更なる遅延の要因になっている。

東武線北千住のように2階建てにして、
1階は小田急線の2面4線にして急行線発と緩行線発に分離するか、完全交互発着にする。
2階は千代田線の2面3線（または2面4線）にして、小田急線発と始発を分離する。
こうでもしなきゃ捌ききれない。