自由席は始発駅特権みたいな物なので途中駅では着席確率が著しく低下します。
全席指定にすると停車駅全てで着席確率が確実に上がります
↑これは関東の快速グリーン車にも当てはまります。そもそも関東のグリーン車自由席は利用者が莫大にいるから成り立っており、指定席にすればさらに儲かるのです。