新快速・快速の指定席予約システムの構築は難儀です
現行マルスとは切り離した単独システムにした方が良いが
とんでもないコストが掛りますね
また、車内発券は事実上無理なので、これはこれで苦情が出るしね

JR東は国鉄時代から普通列車G車自由席をやって来たので
経験則上自由席で問題無しの結論なのでしょう
現実として問題は出ていないのですから自由席でよいと思います