全て鉄道で賄うか全て航空機で賄うという前提がまず間違ってる。
飛行機で東海道の交通需要は処理しきれないし
新幹線で全国の高速輸送を張り巡らせるのも出来ない。

距離的な話でいえば鉄道か飛行機かの境界は東京と大阪より離れたぐらいのとこにあって、
また逆に距離が短くなると今度は鉄道か自家用車かという境界がある。
いずれにおいても鉄道はある程度以上の交通需要が保障されているところでは優位な範囲は広くなり
交通需要が薄くなると近距離では自家用車に、遠距離では飛行機にとって代わられる。