その理論で言ったら、総武線や京葉線の都区内部分も東京支社が管轄しろよという話しになってしまうが。
行政上の住所と、JRの支社管轄は別の話だから。
余談だが、NTTの支店管轄も、行政上の住所地と一部異なる。