並行在来線の定義
同一新幹線路線の新幹線接続駅(在来線側が新駅の場合を含む)に挟まれた営業主体と同じJRが運営している在来線
つまり片側だけ存続させる場合は問題なし
唯一の例外が川内−鹿児島中央間だけ(共用区間なら海峡線もあるけど、団体臨時列車の四季島とカシオペアクルーズだけ)

新幹線側は在来線接続駅のみ
−JR
=JR切離3セク
北陸新幹線第一期(長野新幹線) 高崎−軽井沢−佐久平−長野
 高崎−横川・・(JRバス)・・軽井沢=篠ノ井−長野

北陸新幹線第二期 長野−飯山−上越妙高−糸魚川−富山−新高岡−金沢
 長野=豊野=上越妙高=直江津=糸魚川=富山=金沢
 豊野−飯山

東北新幹線(まとめて) 盛岡−いわて沼宮内−二戸−八戸−新青森
 盛岡=いわて沼宮内=二戸=八戸=青森−新青森

北海道新幹線第一期 新青森−奥津軽いまべつ−木古内−新函館北斗
 新青森−(別会社)−中小国−(共用区間で定期・季節在来線列車なし)−木古内=五稜郭−新函館北斗

九州新幹線(鹿児島の分離区間が発生した時=先行開業区間のみ) 新八代−新水俣−出水−川内−鹿児島中央
 新八代−八代=新水俣=出水=川内−鹿児島中央※ 鹿児島本線の終点は鹿児島中央駅の一つ先の鹿児島駅

万が一残るとしても新大村−諫早間だけで、完全重複の諫早−長崎間は無理 長崎本線の終点は長崎駅