http://www.nta.go.jp/category/tutatu/kobetu/houzin/843/01.htm
> 通達等
>
> 消費税法等の施行に伴う法人税の取扱いについて
>
> 平成元年3月1日 直法2−1
> 平成6年3月16日 課法2−1（例規）により改正
> 平成9年2月26日 課法2−1（例規）により改正
> 平成10年6月23日 課法2−7（例規）により改正
> 平成16年6月23日 課法2−10（法令解釈通達）により改正
>
> （免税事業者等の消費税等の処理）
> 5 法人税の課税所得金額の計算に当たり、消費税の納税義務が免除されている法人については、
> その行う取引に係る消費税等の処理につき、3((税抜経理方式と税込経理方式の選択適用))にかかわらず、
> 税込経理方式によるのであるから留意する。（平9年課法2−1により改正）
> （注）1 　この取扱いは、消費税が課されないこととされている資産の譲渡等のみを行う法人についても適用がある。
> （注）2 　これらの法人が行う取引に係る消費税等の額は、益金の額若しくは損金の額又は資産の取得価額等に
> 算入されることになる。