免税業者の税抜処理は確かに他から移ってくる顧客や過去勤めていたときの会計事務所で幾度か見ている。納税者と話はしたのだろうか？
大体きっかけは会計ソフトの設定に気付かず決算期まで引っ張ってしまっていた場合であったり、(汎用ソフトで中途半端なネットワーク作るとよく起こるらしい・・・噂よ、あくまでも噂。）
消費税が施行された当初それを全く理解していなかった担当者（税理士もいる。）が決算期に気付きいまさらどうにもできないといったケースが中心だったと思う。
たまに建設業の許認可の関係で税抜きを要求されて（と先輩は言っていたのだが・・・）
それに合わせて税抜き処理をしていたがためにこんな状況なのだと説明をうけたことがある。ただし顧客は理解していたし所得を読み違えることもなかったようだ。
素直に感じるのだが基本的に納税者が納得していることが重要なのではないのかな？
期末で消費税処理の関係で所得増えましたでは説明になっていないと思うのだが。普段遊んでいたのかな？
理論は大事だと思うが現実に納税者が納得していなければ大問題だろう。
ちなみに結果があっていれば（税法をキチンと満たす処理をしていれば）
税抜きでも税込みでも税務署は文句は一切言っていない。
ただし説明ができない、根拠がないでは大問題だろう。
顧客が税込み経理を要求すればする。税抜き経理を要求すれば税抜きにする。
たかがそれだけの事だと思うのだが・・・・。顧客が理解できることが重要なはずだ。
ちなみに現状の1000万円基準の場合で免税業者の場合に一体顧客は何をもとめているのでしょうかね。
多分「理屈はいいから解りやすくしてくれ、もしくは余計な処理しないで安くしてくれ。」だと思うのだが。
まあ理屈はとっても重要だけれども納税者が何を考えているのか理解していなければ不毛なのではないのかな？
税込みで処理をしていた場合、修正があった場合に消費税の納税が増加した場合に不利になることは確かだと思う。

通勤手当が免税業者からの仕入・・・・・浅草あたりで人力車で通勤すると案外そうなのかもしれない・・まあよくわからない。