>中小法人で税抜き経理で消費税差額が千円単位になったりすると、再度細かいところまでチェックしなければならない

どんなソフト使ってんだ?
別記入力してなきゃありえないんだが。
税額計算の端数処理の過程で、1万円単位の雑収入が出ることはある。