既に法人税を課税された利益の分配に対する所得税だからと言いますが、それなら消費税だって既に所得税を払った後の利益の費消に対する課税だから2重課税と言えるし、相続税や贈与税だって同じですよね?
なんで配当だけが2重課税分を控除されるのでしょうか。

私が思うに、税金というのは、AさんからBさんにPL性のカネの動きがあった段階で課されるものであって、それなら配当だって法人Aから個人BにPL性のカネが動いてるのだから、2重課税でもなんでもないと思います。
その前に法人Aが支払った法人税は、法人A自身が第三者C、D・・・からのPL性のカネの動きの集積に課税されたものであって、その後の配当はまたそこでカネが他者に動いてるんだから、そこはそこで課税されて当たり前なのではないでしょうか??
そういう意味で言えば、二重課税の防止というのは国際課税における外国税額控除だけだと思います。
配当なんて二重課税でもなんでもないんだから控除なんていらないような気がするんですが。

また、配当に対する課税が二重課税なら、なんで国外法人からの受取配当には配当控除が適用されないのでしょうか。
「国外法人の法人税は日本に払われたものではないから」と言うなら、外国税額控除だってそうではないでしょうか?
外国であろうが日本であろうが、全世界で見ると二重に税金を払ったことには変わりないから外国税額控除があるのですから、配当控除だって同じでしょう。

ということで、質問をまとめます。
@配当所得への所得税が二重課税だというなら、消費税・贈与税・相続税はなんで二重課税とされないのですか?
A国内法人からの配当が二重課税だというなら、国外法人からの受取配当はなんで二重課税とされないのですか?