質問です。2018年度の確定申告をしたいのですが・・

2018年は株取引の損失が出たので、繰越控除の申請も合わせて行いたいのですが、
e-taxで行う場合、やよいで作成したファイル（平成30年分所得税確定申告.xtx）とは別に、
第3票の分離課税の部分だけを「確定申告コーナー」で作ればよいのでしょうか・・？

そもそも全部「確定申告コーナー」で作成すればすっきり1ファイルにまとまるのですが
やよいの方で既に入力してしまったので、ふつうはどうするのかと思いまして・・。