>>242, >>245
>>242のドキュメントではdotファイルが吐かれてるし、
クラス階層図はdotファイルの内容どおりに生成されてます。
文字が読めないのはフォントサイズが4のためです。
コラボレーション図はdotにノードがなぜか出力されてませんが、
画像ファイル自体は真っ白なのが存在していて、
dotファイルの内容どおりには生成されているといえます。

なので、これらはHAVE_DOT=YESの状態で生成されたはずです。
DoxyfileはHAVE_DOT=YESにする前に保存したものと思われます。
dotの中身が異常なので、ほかに問題があると思います。