>>404
INPUT_ENCODING はソースファイルのエンコーディングの設定で、
DOXYFILE_ENCODING は設定ファイル自身のエンコーディングの設定です。

> WinXP version1.6.3で、S-JISのファイルを変換したいのですが、
のS-JISのファイルというのは設定ファイルじゃなくソースファイルのことですか？
だったら、 INPUT_ENCODING = CP932 で合ってるはずなんですが。

S-JISのつもりで実はUnicodeだったなんてことはないですか？

> DOXYFILE_ENCODING = SHIFT_JIS
> として、
> PROJECT_NAMEに日本語を設定したら反映されます。

設定ファイルはDoxywizardを使わないで、テキストエディタで書き換えてるんですか？
Doxywizardだと DOXYFILE_ENCODING は UTF-8 にしないと正しく動作しないはずなので。