うーむ
まず、電力変換所までについては、リニア数両分の電力は山中に超伝導線を引くに値する需要か？という点。
東京名古屋のピーク消費電力27万kW、大阪開業時相当8本/時に換算で推定消費電力43.2万kW。
http://www.itmedia.co.jp/smartjapan/articles/1604/18/news035_2.html

これを12個の変電所が均等に消費し、両端を除く10個を東京名古屋から半分ずつ154kV、330mm^2送電線で供給するとして計算してみたら、損失は2.1%程度(変圧ロス含まず)。
電力幹線や発電所からの出力ならともかく、これくらいだとどうなんだろう？と思うので。
それと、先に山の中に超電導線を引くのはどうかと書きましたが、ケーブルなら軌道に沿わせればよいので、まるまる高圧鉄塔が要らないメリットが生じますね。

電力変換所以降については、き電線に多数の境界区分開閉器と、地上推進コイルへの分岐とき電分開閉器がある。point to pointではなくこのような送電線に超電導送電はそぐわないように思える。
また、き電線から分岐以降、地上推進コイル含む部分は動いていない線が圧倒的に多いので、それ全部超伝導線にするのはあまりに効率が悪いのではないだろうか？
何らかの革新で通常電線並コストになれば別だけど。
http://www.hitachihyoron.com/jp/pdf/1997/02/1997_02_11.pdf

在来線に使うという話はあるけど、あっちは電圧低くて電流が大きいこと、交流損失がない直流であることが超電導に有利そうです。