おそらく東京駅だろう。
条件1→東日本、東海、東京メトロ
条件2　本線が三本（A,B,C本線）幹線（D線）であるが、→A東海道、B東北、C総武、D京葉（中央本線は神田からとすれば。）
このうち一本が旅客案内上一本の路線で表記されない（ネット時刻表で表記されない）→東北本線は宇都宮線または上野東京ラインと表記される。
さらに、上の一本を抜いた三本に加えて本線がもう一本（E本線）、A線と同一方向に向かう路線でC本線と直通運転する路線（F線）
A,B本線の緩行線（G線とH線）、A本線からB本線方面（B本線を抜いて二路線（I,J線））に路線（K線）が存在する（旅客案内上）→E中央、F横須賀、GH山手と京浜東北、IJ高崎と常磐、
Kが良く分からないけど、上野東京ラインという事かな。
条件2では最初に「在来線は」と言っているから、新幹線については触れてなくてもOKであろう。