技術的にも困難だったみたい。以下、誰かのブログより抜粋

明石海峡大橋に鉄道が建設されなかった経緯等　2017年8月 5日 (土)

伊東： 鉄道をやめたのはどんな理由なのですか。当初、三橋とも鉄道が併設されるという話でしたね。
井上： 西（今治ルート）は違っていたと思います、鉄道はなし。
伊東： 真ん中（瀬戸大橋）と明石海峡。

井上： それで、真ん中ももうできましたし、鉄道もできていますが、東の明石海峡をやめたのは、
　やはりあれだけの長大吊り橋になると、たわみが大きくて、吊り橋のジョイントというのか、
　あそこで非常に危険があるというようなのが最後の決め手になったみたいでやめましたけれども。

伊東： 技術的な理由で。
井上： ええ。まあ、克服できないものではないと思いますがね。あそこしかないとなったらやるでしょうけれどもね。
　鉄道もあそこはあきらめるということで、割にすんなりといきました。

井上孝氏(元建設省事務次官・元参議院議員・元国土庁長官)
http://kakuyodo.cocolog-nifty.com/blog/2017/08/post-98f1.html