・実際の乗車経路に関係なく、最も低廉な運賃を適用する。
これがICカードの運賃計算の基本ルール。
・定期券区間から区間外へ乗り越した場合には定期券内のいずれかの駅から最も低廉となる運賃を適用する。
これが更に定期券が絡んだ場合の運賃計算のルール。定期券区間内にラッチがあろうがなかろうが関係なくこのルールってだけ。
こんなのは裏技でもなんでもなく事業者側は十分に理解してる。
だから後から請求されることなんてありえないし、そもそもICカードの運賃計算に実乗車区間は関係ないから債務もクソもない。

そもそも最初の話は乗り換えや所要時間、運賃を無視して最短経路のみしか定期券の経路を認めないことがどうのこうのって話でしょ。
大塚云々はただ知識披露したいだけの奴が話の流れ無視して出してきだだけで関係ない話。
JRのみで行くよりメトロ経由の方が定期券が安くなるなら毎回乗り越すのもありかも知れんが逆パターンはありえない。