マジレスすると
旧国鉄の時代から特急料金は速く移動するための対価と言う位置付け。
だからJRは2時間以上の遅延があった場合は、特急料金を全額返金する制度がある。
自由席だから特急料金無料にすると言うのはあり得ない話。