ちゃんと説明すると長くなりそうですが。

$HOME/bin/mutt を作成して、中で case で引数処理をして
アカウント依存の部分を環境変数に書き込んでから exec で
/usr/local/bin/mutt を起動します。変数名はご自由に。

で、muttrc の中では特定の項目、例えば set realname とかに
設定した環境変数を当てます。
set realname=${MUTT_REALNAME} とか。これで任意の文字列を
動的に処理することが可能です。

受信は fetchmail + procmail で、procmail の設定は
アカウント毎に違うファイルに持たせます。無論、Maildir の
中はアカウント毎に区切ります。

基本はこんな感じ。