Windowsはマルチユーザー対応OSです。
一つのOSを複数のユーザーで使用することができます。

各ユーザーが保存したファイルはそれぞれのユーザー毎に管理され
意図的に共有しない限りアクセスできません。

例えば山田さんが作ったラブレターを
佐藤さんが見れたら困りますよね？

ですがマルチユーザーの事を考えてないアプリは
共有したディレクトリにファイルを作成することがあります。
しかもアプリをインストールしたディレクトリに書き込もうとします。
それではこれは困りますよね。

そういう時に特定のディレクトリに保存しようとした時に、
自動的にユーザー毎のディレクトリに移動するのがバーチャルストアです。
http://pasofaq.jp/windows/vista/virtualstore.htm

この機能により例え管理者権限を持っていなくとも、
マルチユーザーに対応していないアプリを動かすことができるようになるわけです。