固まって電源ブッタ切ったりリセットボタン押したりすると
スキャンディスクが意図せず走る訳ですが、コレが諸悪の根源なんですよね。
この挙動、消せます？？？
そもそもスキャンディスクなんてかけたくないです。

それに、もし仮にAFTだったら、そもそも Win98SE で認識できるか…？

スキャンディスクを「中止」でスキップすれば実害ないので
現時点では「動くものは弄りたくない」的な。。。
USBメモリでformat /s相当を行ってCドライブを抜いて SYS C: で対応？