一般的にはドライブ/ファイルシステム単位で全体のバックアップがとれる
もちろん差分/増分バックアップも

壊れた際には復元用システムを起動して
新しいドライブ/ファイルシステムを作成
バックアップのデータを書き戻す
(必要に応じて差分/増分も)

あとはブートローダーを設定して再起動

どうしてこんな基本的なことができないのか