YPAO測定以前に設定できるのは、バイアンプ等のパワーアンプ割合や、アトモスのハイトスピーカー設定などのみ。
スピーカーの大小切り替えはYPAO測定後に切り替えることはできるが、
大小を手動で切り替えた後、それをベースにYPAO測定はできない。
(YPAOは都度、大小判定をしてしまう)

ただ、手動で大小切り替えやクロスオーバー周波数を変更して音のバランスが崩れた場合でも、
いつでもYPAOの自動設定値に戻すことができる。