コンテナにはロイヤリティも糞も無い
HEIFでターゲットにしている主要画像圧縮コーデックのHEVC Imageにロイヤリティが掛かる（場合がある）けど
コンテナだから別のコーデックでも構わんのよ
ロイヤリティの有無はコンテナじゃ無くて中身で、mkvでもHEVCの映像入れて商用で使えばストリーミング（データ原本丸ごと渡さない）ならロイヤリティ掛からないし
ファイル本体ダウンロードさせたり、メディアに入れて配布すればロイヤリティ対象になる