今shade側から返答が来ました。
対応の遅れのお詫びから入り、内容を読むとボーンやボールジョイントの補間が狂う原因はやはりコーナーにチェックを入れるかどうかだと判明しました
「キーフレームのポイントが選択されているとき、[Z]キー（Win）、[Option]キー（Mac）を押したまま「コーナー」チェックボックスをクリックすると、
同じシーケンスキーに連動している、または、選択している、すべてのキーフレームのポイントの「コーナー」チェックボックスのON/OFFを操作することができます。
または、コーナーをONの状態でキーフレームを追加する事も可能です。
シーケンスポイントを[Z]キー + [X]キー（Win）、[コマンド]キー + [Option]キー（Mac）を押しながらキーフレームを追加することでコーナーをONの状態で追加させることができます。」
「これら「コーナー」の設定につきましては、設定されているジョイントや
キーフレーム間の間隔によりON/OFFの選別が必要になり、Shade3D側では判別が難しいこともございます。
そのため、コーナーにつきましては、チェックをOFFの状態とさせていただいておりますが、
今回のような、腕の動きのような柔らかな動きが必要なケースやボールジョイントやボーンを
活用する場合など、コーナーをONにした設定が望ましいケースが多々ございます。
そのため、弊社と致しましても、この度ご連絡いただきました現象は開発部門へ
伝達させていただいておりますので、今後の仕様変更なども考慮して検討課題の
１つとさせて頂きます。」
ようは現時点で自動的にコーナーにチェックが入るような設定にはできないみたいです
アニメーションを作ろうとするユーザーにとってはなんとも不親切な仕様ですね
せめて公式の解説ページにはこのことを明記してほしいです