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今、別バージョンのmayaで確認しましたが同じ挙動でした。俺の勘違いかもしれません
「頂点」を選択して削除した時の挙動はA,Bともに正常で、頂点を削除した部分には面がはられる
「面」を選択して削除すれば穴が開く
どうやらこれが仕様のようですね
（間違っていたら指摘していただけると助かります）
どもお騒がせしました