http://ahkwiki.net/-MenuMaskKey
＞Win または Alt をモディファイアとするホットキーにとってのこの挙動は、
＞モディファイアとなったキーの押下解除時に、スタートメニューやアクティブ
＞ウィンドウのメニューを活性化させてしまうことになる。 これを阻止するために、
＞AutoHotkeyは該当キーの押下解除イベントを特定のキーストロークを送ることで
＞マスクしている。

　Autohotkey の仕様で、Win/Alt をhotkeyに割り当てると、
　Win単独押しによるスタートメニューや
　Alt単独押しによるアクティブウインドウメニューが阻止されるのですね。