>>300
自己レスです。

つまり、分割民営化以降の現在も、主要地付近の通過を前提としています。

しかし、JR東海が中央リニア新幹線を単独運営したいと言い出したのに対し、JR東日本・西日本が自社エリアでのJR東海の単独運営を簡単に認めると悪しき前例を作ることになるため、
妥協点として、中央新幹線の当初の位置づけを前提としつつ、東海道バイパス新幹線として東海道新幹線と一体として運行することにより、JR東日本・西日本へ与える影響を最小限に抑えなければならないこと、という新たな条件がついたわけです。

南アルプス貫通ルート・奈良ルートは、その条件にも非常に適合しやすいわけで、もはや自治体や住民の意見を反映させる術はほぼ無いわけです。