滋賀県の並行在来線については、
既に答えに近いものが出ている。

並行在来線の3セク無しは
九州新幹線と佐賀県が既にその方針。
滋賀県もこれと同様でいい。

もしくは、国は激安の賃料で新幹線をJRに貸すのだから、JRに新幹線を運営させる際に
在来線を一定条件の間は引き続き運営させることを条件づけてもよい。
どうせ車の自動運転が普及する2030年代までだ。

また、新幹線の利益の一部で、
JRの在来線の赤字は十分に相殺できる。