ちょっとわかりにくいかもしれないので補足しますね。

新しくJDLIBEX財務を入れた Windows 環境を起動した状態だと、
まだJDLのシステムを起動していない時点でも、「サービス」という形で
JDLのバックグランドシステムが動いた状態になっています。
ここで、JDLにとってのデータ領域の丸ごとコピーをやってもうまくいかないかもしれないわけです。

そこで、これとは別にJDLのシステムが入っていない環境上で、
上記JDLのシステムをインストールしたストレージ(HDD/SSD)をDドライブ等として
接続し、JDLのシステムに影響を受けない状態で、コピーをした方が良いのではないかってことですね。