これは一般論としてなんだけど相手の「気にしてない」に対して当事者の理解には段階がいくつかあって
1.問題自体が存在してないと誤解する
(そもそも当事者は問題があると思ってないからやってる)
2.社交辞令の目的や意味がわからないため相手の意図を理解できない
(相手の気遣いや譲歩であることに気付けない)
3.2の派生で相手の厚意(気遣いや譲歩)だと理解できずに
服従や媚びなど見当違いの意図だと誤解してしまう

こんな感じかと

4.すべてわかるけど上手く返せない
っていうのはアスペの特性からは外れそうな気がする

挨拶とかの社交辞令には「あなたの存在や立場を認知して尊重してるよ」とか「敵意はないよ」ってことの意思表示や確認の意味があったりするからね