創作の話になってしまうんですが
中世世界で、侵略してくる騎馬民族を敵として戦争し、味方軍の指揮官がまっとうな平均的な感性をもった自衛官（将校）とします。
で騎馬民族の戦闘部隊を殲滅することまでは自衛官の感覚的に完全に無問題だと思うんですが、上から
「補給部隊の完全殲滅」まで命令された場合、その実行に心理的に抵抗あるものなのかと
中世では「騎馬民族の補給部隊＝戦うこともできない老人と女子供が家畜連れた集団」なんで
敵の補給部隊として「戦闘不能レベルの老人、幼児、女子供までの殲滅」というのは
平均的な自衛官の感覚的に

「敵補給部隊の殲滅であり正当な軍事行動」
なのか
「民間人の虐殺であり、抵抗がある」
なのか

前提として「命令」を下している上層部は「騎馬民族の取り込みは不可能、侵略に同伴している部族は敵の補給部隊であり殲滅対象」と判断しているので
命令自体は当然実行されます。
また戦力と物資自体はすべての命令を実行可能です。

あくまで平均的で良識的な自衛官がどう感じるかという質問です。