海上警備行動について調べてみると、武器使用は警察官職務執行法を準用する、と自衛隊法に規定されてますね。警察官職務執行法では、正当防衛の範囲内で、犯人への武器使用を認めています。

もしかすると、刑法に規定されている正当防衛の範囲について、自衛隊側で誤解があるのかもしれないですね。
下記のページによると、青山繁晴氏は、自衛隊の武器使用について「正当防衛は相手の攻撃を受けなければ反撃できない」と説明しているけれども、それは間違った解釈らしいです。
http://ameblo.jp/nhn25bel32/entry-12171423957.html

刑法に規定されている正当防衛では、「自己または他人の権利が侵害されることが急迫していれば、まだそれが発生していなくても防衛行動がとれる」ようです。それと、攻撃されたからといって反撃して撃沈すれば、正当防衛の範囲を超えてしまうようですね。