メタルギアのに関しては、
PC系ではコピーが多発してたから様々なコピープロテクト（嫌がらせ含む）が生まれて
パッケージについてくる○○を見ろってのもそれの一種

だからとりあえず中古への嫌がらせも含めてそのギャグをやってるだけだと思う
PS1のMGS1でも私の周波数はパッケージに書いてあるわとかメタセリフ言ってくる
コジマがメタネタ好きなのもあるだろう