なかなか面白い議論だな。俺の考えとしちゃ、メタ的にみて、ルートによっちゃラスボスになる敵を、それまで本編に全く影も形もなかった存在を出すってのはないんじゃないかと思う、ってのが一番でかいなー。
だから、古代トゥメルから存在する何某かの上位者とか、っていう説はないと感じる。

そういう意味じゃ、仮説１,2 ,3どれもアリだが、再誕者絡みだと再生怪人をラスボスにするか？って疑問を感じるし、完全な上位者までメンシスが生み出してるってのも疑問なんで、3も除外。

やっぱ、遺児との対比で、本体メルゴーってのが一番しっくりくるかな。これに+αで、メルゴーはメンシスにだまされてるorトゥメルの呪詛をかけられてるとかどうだろ。
メンシスの要望通りに脳ミソだすくらいだし、メルゴー自体がメンシスの言う通り動いてる。だから、メルゴーの眠り（悪夢の維持）を邪魔するヤツはみんな敵だと思い込まされてる、とか。これなら、ヤーナムの一礼も説明がつくし。