それは単純に高規格道路の方が新しいからでしょ。
もし石北本線の石北トンネル前後を新設ルート作るとしたら
峠を越えないようなトンネルの掘り方するだろうし。

まぁ高規格道路が100年近く経って補修だけでは厳しくなる頃には、
石北本線も無くなってるだろうから、自動的に道路の方を新設するしか無いよな。