新幹線はJR東日本へ引き取られ、付随する並行在来線は「少しの辛抱」として従来通りの区間が選択された
JR東日本継承路線
新青森−新函館北斗
（新函館北斗−札幌：建設中）
函館−大沼−大沼公園／長万部−倶知安−小樽
＜函館−大沼−大沼公園以外新幹線札幌延伸と同時に廃止＞

他区間
札沼線
地下鉄で充分とされたものの、学校法人と沿線自治体が粘り、3セクとして札幌−医療大間を存続

主に釧網本線　相内−知床斜里−新富士
ラムサール条約地域での自動車激増と世界遺産の知床、そして莫大な農産物輸送需要があるが海路も道路も不向き
これらを考慮された結果、上が農協（観光・運輸）・下が沿線自治体として存続
特に譲渡前に徹底改良がおこなわれ、いくつかの区間は付け替えられた
貨物主体とはならないよう、観光・労働者輸送を主用途に定めた