フリーゲージトレインは(ミニ新幹線同様に定員輸送力などの問題を避けられないのに)重量と最高速度だけが問題で
加速度はどんなに低くても良い(700系以上なら十分、500系以上なら御の字)
定員輸送力はどんなに低くても良い
みたいなのが広がっているが

じゃあミニ新幹線でもその問題解決すれば乗り入れできるのか?
結局、定員輸送力と加速度とかの問題を解決する必要があり
加速度は最高速度が低下してもE6系をベースに60Hzにして最高速度は時速320kmから時速300kmに低下してしまうかもしれないが、それでも満たせるだろうが
定員輸送力は、どう足掻いてもいかんともしがたいし、代わりに長編成ってわけにもいかんしな(今度は在来線の長崎本線側と長崎駅側が対応不可)
ましてやノーズが長くて1編成あたりの定員がかなり減るE6系ではそれが顕著になるので
E3系や400系の定員を確保できるE8系をベースに開発するしかないだろうな。