一番ありそうなのは、
建設費を別会計で補填を受ける裏合意をしておいて、
JR九州が
「並行在来線を維持することに最大限の努力をする」
とリップサービスをして合意を取り付けて、
フルを敷設し終わってから
「諸事情が変わったので並行在来線を経営分離します」とやるパターンだろね。
それまでに両県の知事議員の首と国交省職員の首が幾つ飛ぶかわからんけど。
着工合意まで50年くらいかな。