東西線経由で船橋から三鷹に行くのに、Suica(西船橋の中間改札経由)を利用した場合は、船橋・西船橋(JR)、西船橋・中野(メトロ)、中野・三鷹(JR)のIC
運賃の単純合計であり、千代田線経由の柏・池袋間のような割引は一切ない(紙のきっぷではあり)という認識でよいでしょうか。

(その場合)なぜ前者には、後者のような扱いを導入しなかったのでしょうか？
(東西線開通[通過連絡制度導入]～IC導入の間に自前で総武快速線を造ったので、JRとしてはそちらを利用してもらいたいと推測)

せめてもの節約として、有効時間帯ならメトロ区間を時差、あるいは土休日回数券、前後のJr区間をSuicaで、ということはかのうですか？
(連絡乗車券を買う時間はないが、回数券の手持ちがある場合)