公式に
＞＞Unity™のゲーム開発にも
＞＞Unity™のゲーム開発で使われるFBX形式に対応しています。
＞＞Autodesk®の3Dアニメーション用のファイル形式であるFBXは、アニメーション2Dおよび3DアセットをUnityで利用可能にする業界標準の形式です。

って書いているけど現状、swfのFlashアプリを作らない限り動画制作に使うのが正解だと思う。