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いじっていると言っても、ある機能を有効にしているかしていないか程度
Linuxカーネルのバージョンの違いも同じようなもので
ある機能が搭載されているかどうかであって、動きが変わるなんてことはない

アプリから見れば、ある機能が有効でない or 搭載されていないなら
その機能はこのカーネルでは使えません。という問題が出るだけの話

極論を言えば最新のカーネルを使ってすべての機能を
有効にすれば全てのディストリが動く

もちろんLinuxカーネルに含まれる大量のドライバは不要なので
そんな機能を有効にする必要はないが。