武雄温泉―肥前山口間の複線化事業は2011年に整備新幹線スキームで実施することが政府決定されている。
複線化事業はリレー方式でも絶対必要だからそのまま実施される。

つまり武雄温泉―肥前山口間はフル規格を作るにせよ整備新幹線スキームは使えない。
JR九州の単独事業によるフル規格設置。
またはミニ新幹線(複線化事業のときに標準軌化しやすいようにしておく)

まず新鳥栖―佐賀間について整備新幹線スキームによるフル規格整備で佐賀県を説得する。
鳥栖―佐世保間のJRによる在来線維持と佐世保特急の維持、通勤時間帯の博多ー佐賀間の在来線の快速・普通列車の確保、新大阪―佐賀間の新幹線直通列車設置を約束すれば佐賀は納得する可能性もある。

佐賀―肥前山口についてはミニ新幹線。
ただし、在来線との合流ポイントをなるべく肥前山口に近いところに設置する。

これで関係者がある程度、納得できる落としどころにならない?