・仮に瀬戸大橋に新幹線用準備工事があったとして、鷲羽山トンネルがクリアできない
・採算的に、または経営戦略的に在来線が廃止になるのは必至で、となれば貨物列車も廃止の憂き目を見る。ところが島内完結が多い北海道と違い、四国は流通の本州依存度が比較的高く、貨物列車全廃は弊害が大きすぎる。
・そもそも新幹線を敷くほどの需要が無い。元々は神戸鳴門ルートも新幹線を通すつもりで計画されたが、神戸と鳴門を結ぶバスはわずか30分に一本、それもガラガラ。マイカー依存度が高い四国とはいえ、北九州の高速バスの繁盛ぶりとは対照的。
・瀬戸大橋は強風やのうむ